python提取gtf文件信息,gtf文件用什么打开

python提取gtf文件信息,gtf文件用什么打开

≡(▔﹏▔)≡ 读取gtf文件example02.gtf文件的内容##gff-version 3# gffread v0.12.7# gffread -E --keep-genes /mnt/shared/scratch/wguo/barkeRTD/stringtie/B1/Stringtie_B1.gtf -o 00.newg你好，我是有问必答小助手，非常抱歉，本次您提出的有问必答问题，技术专家团超时未为您做出解答本

一)python读取： 2.读取csv文件一)python读取： 3.读取txt文件4.借助format写任意文件0 常规方法open 0.1 读取时存在中文无法识别关键因素：以二进制读取，‘rb’以utf-8解码python gtftools.py -q splice_regions.bed demo.gtf 9)提取外显子信息python gtftools.py -e exons.bed demo.gtf 10)提取内含子信息python gtftools.py -i i

单位收集了很多word格式的调查表，领导需要收集表单里的信息，我就把所有调查表放一个文件里，写了个python小程序把所需的信息打印出来，这个小程序就能从Python文本中分析信息并所以我会写两个python 脚本来提取不同数据库的gtf 注释文件的基因转录本长度信息。这里我下载了UCSC 的hg38和gencode GRCh38的gtf注释文件hg38.ncbiRefSeq.gtf,gencode.v38.anno

/usr/bin/env python3# -*- coding: utf-8 -*-# extract_splice_sites.py# @author Aaron Liu# @description 从gtf文件中提取剪切位点(参考hsiat2_extract_spli通过pybedtools可以轻松的从bed/gtf文件中提取感兴趣的染色体区间，对于TSS位点以及上下游1kb区间的提取方法如下上述代码加起来不超过15行，python强大的生态使得我们可以只通过几行代码就实现一个

∪﹏∪ file_object.close( ) 不一定要在这里用Try/finally语句，但是用了效果更好，因为它可以保证文件对象被关闭，即使在读取中发生了严重错误。二.最简单、最快，也最具Python风格的我有一个要解析的基因的GTF文件，因此“gene_id”，“gene_type”，“gene_status”，“gene_name”和“级别”都在单独的列中。因此，对于我的原始文件：chr1