蛋白IP实验分组设计,如果分组的源ip

蛋白IP实验分组设计,如果分组的源ip

以Nature上发表的一项新冠病毒蛋白互作组学研究中的部分蛋白质组定量数据为例，提取其中病毒N蛋白相关的IP实验组和对照组数据，以相同的定量筛选标准筛选互作蛋白时(log2 Fold change>实验流程1.培养实验所需细胞2.外源性CO-IP需要转染外源质粒3.细胞裂解(常用RIPA并添加PMSF等酶抑制剂) 4.免疫沉淀反应①磁珠预处理(protein A/G或HA等标签磁珠) ②目标抗体与磁珠

免疫共沉淀(Co-Immunoprecipitation,Co-IP)是一种常用的鉴定蛋白-蛋白相互作用的方法，通过使用诱饵蛋白(IP中的抗原，bait protein)特异性抗体间接捕获与其结合如果想要设计好实验，先清楚以下常用“黑话”含义。阳性对照：证实细胞裂解物中确实存在靶蛋白(IP)或者互作蛋白对(co-IP,比如诱饵蛋白X和靶蛋白Y),即为常说的input。可直接取抽好

IP实验步骤基本实验步骤(1)收获细胞，加入适量细胞IP裂解缓冲液(含蛋白酶抑制剂),冰上或者4?裂解30min, 12,000g离心30 min后取上清；(2) 取少量裂解液以备Western blot分析，2)选择WB一抗时，选择和IP用一抗不同的种属，避免IP一抗的干扰；(3)选择HRP直接偶联的WB一抗，省去二抗的步骤。关于影响免疫沉淀实验结果的影响因素，今天就先讲到这里，重点强调一下：

ˇ△ˇ 免疫共沉淀实验设计和基本步骤1.需要的设备4℃离心机，4℃旋转仪，超声仪。2.准备的试剂(1)预冷PBS IP缓冲液，分低、中、高盐三种配方：其他1mmol/L DTT,蛋白酶抑制剂(1 : 1在某些Co-IP实验中，实验人员会把IP后的上清分别进行蛋白X和蛋白Y的WB检测，该对照组称为output组。利用内源性Co-IP实验为验证两个蛋白是否存在已知作用，如果最终的结果为阳性，

IP：全称immunoprecipitation，即免疫沉淀，这一步主要是为了纯化富集目的蛋白。Input：全细胞裂解液，含有细胞内所有的蛋白，可认为是阳性组。也就是处理完样本得到的细胞裂解液IP 指的是使用这个蛋白的抗体来包被beads,IB 指使用某抗体去检测沉淀下来的蛋白这里的IgG 就是做阴性对照用影响Co-IP 结果成败的其它因素：除了以上这些在实验设计时需要注意的